Input & Output
Apresentação
Arquivo: sequencias.fasta
Exemplos
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# exemplo01 pokemon.pl
#!usr/bin/perl
%evolution = ("Bulbasaur", "Ivysaur",
"Charmander", "Charmeleon",
"Squirtle", "Wartortle",
"Pikachu", "Raichu");
$pokemon = "Pikachu";
# usando for
# usando while
# usando foreach
# sem usar loops
exit;
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# exemplo02
#!/usr/bin/perl
($E, $P, $M) = @ARGV;
$nota_final = ((2*$E)+(3*$P)+(5*$M))/10;
if ($nota_final >= 5) {
print "Nota: $nota_final, Aluno aprovado.\n";
} else {
print "Nota: $nota_final, Aluno reprovado.\n";
}
exit;
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#exemplo03
#!usr/bin/perl
$output1 = $ARGV[0];
$output2 = $ARGV[1];
open(OUTPUT1, ">$output1");
open(OUTPUT2, ">>$output2");
print OUTPUT1 "Escrevendo no arquivo 1\n";
print OUTPUT2 "Escrevendo no arquivo 2\n";
close OUTPUT1;
close OUTPUT2;
exit;
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#exemplo04
#!usr/bin/perl
$output = $ARGV[0];
open(OUTPUT, ">$output");
print OUTPUT "Escrevendo no arquivo usando OUTPUT\n";
print "Onde estou escrevendo sem filehandle?\n";
print STDERR "Onde estou escrevendo com STDERR?\n";
print STDOUT "Onde estou escrevendo com STDOUT?\n";
close OUTPUT;
exit;
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#exemplo05
#!usr/bin/perl
$input = $ARGV[0];
$output = $ARGV[1];
open(SEQ, "<$input") || die "Nao foi possivel abrir o arquivo $input\n";
open(OUT, ">$output") || die "Nao foi possivel abrir o arquivo $output\n";
while (<SEQ>) {
print OUT $_;
}
close SEQ;
exit;
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Exercício
Exercício para entrega via e-mail. O exercício deverá ser entregue com um script completo, em um arquivo .pl, com o nome NomeSobrenomeE06.pl (substituir NomeSobrenome pelo próprio nome, por exemplo, TatianaTorresE06.pl).
Prazo: 28/09/2018
Exercício com loops e in/out:
1.Crie UM script que utilize um arquivo de sequências em formato FASTA. Ele deverá:
a)ler sequências (e qualidades) no formato FASTA e armazenar em dois hashes: %seq e %qual;
b)calcular o tamanho médio das sequências e retornar no output padrão.
c)converter sequências e qualidades no formato FASTA (amazenadas nos hashs %seq e %qual) para formato FASTQ em um novo arquivo de saída. Usar a conversão Phred+33 (S - Sanger) na tabela apresentada no link do wikipedia.
ENTRADA: arquivoSequencias.fasta e arquivoQualidades.fasta
SAIDA: arquivoSequenciasComSitio.fastq
Testem antes de enviar!
Arquivo de sequencias: Chom-tr.fasta
Arquivo de qualidades: Chom-tr.fasta.qual