Introdução a Unix

Programas

Link para download do Geany: https://www.geany.org
Link para download do atom: https://atom.io

Apresentação

Introdução a Unix

Arquivos para a aula:

Arquivo em formato fasta: metagenomics_coral.fasta
MD5 = aaa8538ebd3fb82c3d50e2ef1b13fffe

Arquivo em formato fasta: dmel-subset-gene-r5.45.fasta
MD5 = 185057f6340dc01e022cbbbc7a51f343

Arquivo em formato fasta: dmel-all-gene-r5.45.fasta
MD5 = 01ecbd63ccdf9a01146e29ddee081ba3

Arquivo em formato fastq: chom.txt
MD5 = 3e6bc3fd47c39af9ba091edc0c6e5d31

Arquivo: prova1.tar.gz

Tutorial do monitor da primeira edição da disciplina com um ótima descrição dos comandos mais comuns: http://sinteticamente.wordpress.com/2012/08/15/comandos-unix/

Tutorial criado pelo aluno Murillo Fernando Rodrigues para instalação da máquina virtual com Ubuntu em máquinas rodando Windows: https://github.com/tttorres/introprog/blob/master/files/tutorial_virtuabox_ubuntu.pdf

Exercício

Exercícios com comandos Unix para entrega via e-mail. Informar os comandos para todos os itens, sem utilizar copiar e colar para nenhuma das atividades propostas.
Prazo: 17/08/2018

  1. Crie o diretório “exemplos” no home do seu usuário, e copie para lá o arquivo fasta dmel-all-gene-r5.45.fasta.

  2. Conte quantas sequências possui esse banco de dados (dmel-all-gene-r5.45.fasta).

  3. Conte em quantas linhas o trecho “GCAT” aparece no arquivo dmel-all-gene-r5.45.fasta. E o trecho “TGGATCAACCAAA”?

  4. Confira as 12 primeiras linhas do arquivo chom.txt (disponível no site da disciplina). Quantas sequências estão representadas nesse arquivo?

  5. Qual é a 14a. sequência exibida no arquivo chom.txt?

  6. Transfira apenas essa sequência para um arquivo chamado sequencia.txt. Crie uma linha de comando para gerar o complemento da sequencia colocada no arquivo sequencia.txt.